Kamu mali yönetiminin yapısını ve işleyişini düzenleyen 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu 24.12.2003 tarihinde yürürlüğe girmiş ve bu Kanunla yeni kamu mali yönetimi, yönetim sorumluluğu esasına göre düzenlenmiştir. Kanunun 63. maddesinde iç denetim; kamu idaresinin çalışmalarına değer katmak ve geliştirmek için kaynakların ekonomiklik, etkililik ve verimlilik esaslarına göre yönetilip yönetilmediğini değerlendirmek ve rehberlik yapmak amacıyla yapılan bağımsız, nesnel güvence sağlama ve danışmanlık faaliyeti olarak tanımlanmıştır. Bu faaliyetler, idarelerin yönetim ve kontrol yapıları ile malî işlemlerinin risk yönetimi, yönetim ve kontrol süreçlerinin etkinliğini değerlendirmek ve geliştirmek yönünde sistematik, sürekli ve disiplinli bir yaklaşımla ve genel kabul görmüş standartlara uygun olarak gerçekleştirilecektir. Bu doğrultuda üniversitemize tahsisli iç denetçi kadrolarına atama yapılmış ve doğrudan üst yöneticiye bağlı iç denetim birimi kurulmuştur.